Urkundlich wurde die Stadt Zittau 1238 erstmals erwähnt. 1244 gründete sich ein Franziskaner-Kloster im Raum Zittau. Von 1260 bis 1290 wurden das Kloster und die Kirche in Zittau gebaut. Den Chorraum weihte man den Aposteln Petrus und Paulus. Dem aus Prag geflüchteten Dom-Kapitel diente das Kloster von 1421 bis 1437 als Aufenthaltsort. Nachdem das Kloster 310 Jahre bestand, erlischt dieses mit dem Tode des letzten Mönches 1554.
Die Kirche wurde 1658 bis 1662 auf Veranlassung des Bürgermeisters Heinrich von Heffter durchgreifend erneuert.
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